1. BPOM
2. Unit Pusat
   • Sekretariat Utama
   • Deputi Bidang Pengawasan Produk Terapetik dan Napza
   • Deputi Bidang Pengawasan OT, Kos dan PK
   • Deputi Bidang Pengawasan Keamanan Pangan dan Bahan Berbahaya
   • Inspektorat
   • Biro Umum
   • Biro Hukmas
   • Biro KSLN
   • Biro Perencanaan dan Keuangan
   • Pusat Informasi Obat dan Makanan
   • Pusat Riset Obat dan Makanan
   • Pusat Penyidikan Obat dan Makanan
   • Pusat Pengujian Obat dan Makanan Nasional
   • Direktorat Penilaian Obat dan Produk Biologi
   • Direktorat Pengawasan Distribusi PT PKRT
   • Direktorat Pengawasan Produksi PT PKRT
   • Direktorat Standardisasi PT dan PKRT
   • Direktorat Penilaian OT, Kos dan SM
   • Direktorat Pengawasan Napza
   • Direktorat OAI
   • Direktorat Standardisasi OT, Kos dan PK
   • Direktorat Insert OT, Kos dan PK
   • Direktorat Insert Pangan
   • Direktorat Pengawasan Produk dan Bahan Berbahaya
   • Direktorat Penilaian Keamanan Pangan
   • Direktorat Surveilan dan Peyuluhan Keamanan Pangan
   • Direktorat Standardisasi Produk Pangan
3. Balai
   • Balai Besar POM di Banda Aceh
   • Balai Besar POM di Medan
   • Balai Besar POM di Padang
   • Balai Besar POM di Palembang
   • Balai Besar POM di Bandung
   • Balai Besar POM di Yogyakarta
   • Balai Besar POM di Surabaya
   • Balai Besar POM di Denpasar
   • Balai Besar POM di Mataram
   • Balai Besar POM di Manado
   • Balai Besar POM di Makassar
   • Balai Besar POM di Pontianak
   • Balai Besar POM di Banjarmasin
   • Balai Besar POM di Jakarta
   • Balai Besar POM di Jayapura
   • Balai Besar POM di Bandar Lampung
   • Balai Besar POM di Pekanbaru
   • Balai Besar POM di Samarinda
   • Balai Besar POM di Semarang
   • Balai POM di Batam
   • Balai POM di Jambi
   • Balai POM di Bengkulu
   • Balai POM di Pangkal Pinang
   • Balai POM di Kupang
   • Balai POM di Palangka Raya
   • Balai POM di Palu
   • Balai POM di Kendari
   • Balai POM di Manokwari
   • Balai POM di Sofifi
   • Balai POM di Ambon
   • Balai POM di Gorontalo
   • Balai POM di Serang